問題： 一稿多投？好奇怪呀

從主編的回復看來你的論文不符合 PCA 的排版要求，你在投稿前有詳細了解 PCA 的要求然后排版嗎？如果樓主的論文還是 JSS 的排版形式，期刊編輯馬上就能看出來，也知道你先前投稿過別家期刊。
一稿多投是很嚴重的，如果你在多篇主題相近的論文里使用同樣的數據，即使方法不同，也有可能被判定是一搞多投。道德委員會和編輯委員會以及期刊指南都明確表示作者如遇有相似或重疊的研究時必須在投稿時遞交該研究文章。此外，文章間必須要清楚標示彼此在參考文獻中。
你可以采取的辦法有 2 個，不是重投 JSS 就是投稿到其他期刊。修改的時候，最好把先前相關的論文加到 reference 里面。記得要根據期刊的要求排版，最重要的是在投稿信中提及你先前有相似的論文已經投稿到EI期刊，并在投稿時附上該論文。
我還建議你與EI期刊編輯接洽，向他們告知你又寫了相似主題的論文，如果可以，最好附上最近的這篇論文。如此一來，能夠保證新的這篇論文不致被退稿，或甚至在發表后被撤稿。