eLife 新推出計算結果可復現文章,將能讓用戶修改圖表

eLife 新推出計算結果可復現文章,將能讓用戶修改圖表

eLife 是生物醫學和生命科學在線科研期刊,該網站推出了第一個“計算結果可復現”( computationally reproducible) 文章,讓讀者能直接修改原始底層代碼來驗證工作。文章中的圖表包含“能產出這些圖標結果的軟件、數據和計算環境”。像這樣子的研究文章能讓讀者修改底層代碼,產出修改后的結果,以便能更好地了解研究中呈現出的結果。

eLife 這篇精進過的文章,最先是在 2012 年以傳統形式發表的,主題為癌細胞中的突變基因如何影響其他基因的行為,該研究隸屬“可重現項目:癌癥生物學”,主要是想測試腫瘤研究結果的可重復性。

這個文章是使用名為 eLife Reproducible Document Stack 的開源工具所產生的,看起來就像一般的文章,但文章中的每一個圖表都有一個藍色箭頭,點擊后就會出現圖表背后的程式代碼,用戶可以直接修改代碼查看修改后的圖表結果。

eLife 文章不若其他軟件,并不需要安裝任何東西就能讓讀者在文章中查看并修改代碼。美國賓夕法尼亞大學醫學院生物信息學家 Casey Greene 觀察到,文章使用附有誤差條的條形圖來總結部分數據,用戶也可以選擇用不同的形式的圖表,更有效地表現趨勢。

研究人員認為 eLife 的可復現文章是讓研究論文擺脫單純闡述結果,成為互動性資源的重大一步。喬治華盛頓大學機械和航空航天工程師暨復現專家 Lorena Barba 說道:“eLife 現在在做的,是升級研究論文,使其不單單只是文字而已,但這個多方面的傳播媒介將數據還有代碼整合在其中。”

F1000Research》和《GigaScience》等期刊也有類似的文章,通過小部件提供代碼和執行環境,但 eLife 是第一個將代碼直接放在文章中的期刊,美國洛克菲勒大學神經學家 Cori Bargmann 將這個文章稱為“論文的未來”。

目前,用戶無法添加自己的數據到論文的圖表中。eLife 產品與用戶經驗總監 Giuliano Maciocci 表示他們正在開發能讓用戶下載文章到自己的計算機進行運算的功能,那么用戶就能使用原作者的代碼分析自己的發現。他還補充道,文章是使用開放源代碼軟件所產生的,有興趣的出版社都可以利用。Maciocci 也保證目前文章中沒有支持的參考文獻和補充圖表都會很快補上。

這個研究的作者是開放科學中心研究總監 Tim Errington,他相信?eLife 文章代表著研究論文形式已經進化,還說現在“所有我做的事情都有可能曝光”,同時他也強調需要找出讓這個技術更好運用的方式。

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參考文獻:

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