問題： 兩篇論文用類似的方法，但不同的材料和運用，會有問題嗎？

如果是內容和側重點完全不同的兩個研究，論文的方法章節內容相似是不行的。第二篇論文內容應該要是完全不同的內容，包含文獻回顧、結果、討論和結論，都該跟第一篇論文完全不同。

另一種可能性是第二篇論文是以第一篇為基礎發展而成的，也就是說，第二篇論文是同個研究的第二部分。如果是一個系列研究，就可以用同樣的方法進行不同的操作，得出不同的寄過。這時候，論文中要清楚說明這里使用的是跟先前的研究一樣的方法并注明出處。

不過，我不懂為何摘要內容會相似。一般來說，摘要是論文的簡介，介紹論文的重點。如果材料、運用跟結果是不一樣的，論文的重點也該不同才是。

不同的論文，內容也該完全不同，這點是很重要的。如果兩篇論文的側重點還有呈現方式沒有顯著差別，有可能會被視為一稿多投或香腸論文。你應該要特別小心。如果你絕地兩篇論文很相近，或是內容有很多重復的地方，最好不要發表第二篇論文，或是將第二篇論文當作是后續研究進行發表。你可以向期刊編輯進行投稿前咨詢，提供論文的簡要介紹，詢問是否能夠發表先前研究的第二部分。